六本木中学校の特徴として、教科教室型の校舎と、ノーチャイム制があげられます。生徒たちは学校生活を送る中で「自分で考え、判断し、行動できる人」を目指します。
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平成12年に完成した校舎は、六本木の街の景観にも映えるデザインで、地域の方々にも親しまれています。 充実した施設は、六本木中学校の教育の支えとなっています。